Город Зерноград расположен на юге Ростовской области в районе Кумо-Маныческой впадины, к юго-востоку от г.Ростова-на-Дону. По данным генерального плана города расстояние между административным областным центром Ростова-на-Дону до административного центра города Зернограда составляет 77 км. Город расположен на разделе рек Кагальник и его левого притока реки Мечетка.
На территории города находится железнодорожная станция «Зерноград» Ростовского отделения Северо-Кавказской железной дороги на линии «Ростов-на-Дону-Сальск». В пяти км от города проходит автомобильная дорога федерального значения «Ростов-на-Дону-Ставрополь»
Площадь города Зернограда составляет 12,36 кв.км (по генплану города).